From d313b63f5f9fe6bcaa2b973681ca353476e500e2 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Udo Eisenbarth <u.eisenbarth@gsi.de>
Date: Thu, 20 Jul 2023 16:59:00 +0200
Subject: [PATCH] Start implementing "from_csv" function.
---
Cargo.lock | 53 +
Cargo.toml | 2 +
NE03B.csv | 3202 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
src/spectrum.rs | 16 +-
4 files changed, 3272 insertions(+), 1 deletion(-)
create mode 100644 NE03B.csv
diff --git a/Cargo.lock b/Cargo.lock
index 0727499b..0edaa719 100644
--- a/Cargo.lock
+++ b/Cargo.lock
@@ -162,6 +162,27 @@ dependencies = [
"cfg-if",
]
+[[package]]
+name = "csv"
+version = "1.2.2"
+source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index"
+checksum = "626ae34994d3d8d668f4269922248239db4ae42d538b14c398b74a52208e8086"
+dependencies = [
+ "csv-core",
+ "itoa",
+ "ryu",
+ "serde",
+]
+
+[[package]]
+name = "csv-core"
+version = "0.1.10"
+source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index"
+checksum = "2b2466559f260f48ad25fe6317b3c8dac77b5bdb5763ac7d9d6103530663bc90"
+dependencies = [
+ "memchr",
+]
+
[[package]]
name = "dirs-next"
version = "2.0.0"
@@ -386,6 +407,12 @@ dependencies = [
"either",
]
+[[package]]
+name = "itoa"
+version = "1.0.9"
+source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index"
+checksum = "af150ab688ff2122fcef229be89cb50dd66af9e01a4ff320cc137eecc9bacc38"
+
[[package]]
name = "jpeg-decoder"
version = "0.3.0"
@@ -439,6 +466,12 @@ dependencies = [
"rawpointer",
]
+[[package]]
+name = "memchr"
+version = "2.5.0"
+source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index"
+checksum = "2dffe52ecf27772e601905b7522cb4ef790d2cc203488bbd0e2fe85fcb74566d"
+
[[package]]
name = "miniz_oxide"
version = "0.7.1"
@@ -462,6 +495,18 @@ dependencies = [
"rawpointer",
]
+[[package]]
+name = "ndarray-csv"
+version = "0.5.2"
+source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index"
+checksum = "2956dbaf15d46593bfddfdb88901cb35299f3a58390c7328ac4f58932800b8f8"
+dependencies = [
+ "csv",
+ "either",
+ "ndarray",
+ "serde",
+]
+
[[package]]
name = "ndarray-stats"
version = "0.5.1"
@@ -535,7 +580,9 @@ checksum = "dd8b5dd2ae5ed71462c540258bedcb51965123ad7e7ccf4b9a8cafaa4a63576d"
name = "opossum"
version = "0.1.0"
dependencies = [
+ "csv",
"ndarray",
+ "ndarray-csv",
"ndarray-stats",
"petgraph",
"plotters",
@@ -737,6 +784,12 @@ dependencies = [
"semver",
]
+[[package]]
+name = "ryu"
+version = "1.0.15"
+source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index"
+checksum = "1ad4cc8da4ef723ed60bced201181d83791ad433213d8c24efffda1eec85d741"
+
[[package]]
name = "same-file"
version = "1.0.6"
diff --git a/Cargo.toml b/Cargo.toml
index f57cfcd6..f61e7b2a 100644
--- a/Cargo.toml
+++ b/Cargo.toml
@@ -17,4 +17,6 @@ uom = "0"
# for spectrum
ndarray="0"
ndarray-stats="0"
+csv="1"
+ndarray-csv="0"
plotters="0"
diff --git a/NE03B.csv b/NE03B.csv
new file mode 100644
index 00000000..f29e1ebd
--- /dev/null
+++ b/NE03B.csv
@@ -0,0 +1,3202 @@
+200;1.433E-02
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+202;1.414E-02
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+16000.04436;2.001E-01
diff --git a/src/spectrum.rs b/src/spectrum.rs
index 1c7d6d65..e9b82867 100644
--- a/src/spectrum.rs
+++ b/src/spectrum.rs
@@ -1,7 +1,9 @@
//! Module for handling optical spectra
use crate::error::OpossumError;
-use ndarray::Array1;
+use ndarray::{Array1,Array2};
use ndarray_stats::QuantileExt;
+use ndarray_csv::Array2Reader;
+use csv::ReaderBuilder;
use std::f64::consts::PI;
use std::fmt::{Debug, Display};
use std::ops::Range;
@@ -11,6 +13,7 @@ use uom::si::length::meter;
use uom::si::{f64::Length, length::nanometer};
type Result<T> = std::result::Result<T, OpossumError>;
use plotters::prelude::*;
+use std::fs::File;
/// Structure for handling spectral data.
///
@@ -55,6 +58,13 @@ impl Spectrum {
data: Array1::zeros(length),
})
}
+ pub fn from_csv() {
+ // Read an array back from the file
+ let file = File::open("NE03B.csv").unwrap();
+ let mut reader = ReaderBuilder::new().has_headers(true).from_reader(file);
+ //let array_read: Array2<u64> = reader.deserialize_array2((2, 3)).unwrap();
+ println!("{:?}",reader);
+ }
/// Returns the wavelength range of this [`Spectrum`].
pub fn range(&self) -> Range<Length> {
Length::new::<meter>(*self.lambdas.first().unwrap())
@@ -454,6 +464,10 @@ mod test {
assert!(s.is_err());
}
#[test]
+ fn from_csv() {
+ Spectrum::from_csv();
+ }
+ #[test]
fn range() {
let s = prep();
assert_eq!(
--
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